Des sous-espèces de bactéries intestinales en compétition selon la température
Au niveau de l'espèce, les bactéries présentes dans ton intestin ressemblent à celles des autres personnes. Mais au sein d'une même espèce, il existe des variants importants que l'organisme traite très différemment. De nouvelles recherches montrent que la température ambiante détermine quel variant d'une espèce bactérienne survit dans l'intestin. Cela modifie notre compréhension du lien entre microbiote et vieillissement.
La plupart des études sur le microbiome s'intéressent aux espèces bactériennes présentes. Pourtant, au sein d'une même espèce, des sous-espèces (appelées clades) peuvent différer sensiblement sur le plan génétique et fonctionnel. Des chercheurs ont suivi le microbiome intestinal de mouches des fruits pendant plus de dix ans, à deux températures distinctes. Ils ont examiné non seulement quelles espèces étaient présentes, mais aussi quels variants de la bactérie Lactiplantibacillus plantarum survivaient.
La température décide quel variant l'emporte
L'étude, publiée dans eLife, montre que les trois variants identifiés de L. plantarum réagissent très différemment aux écarts de température. À température plus élevée, un variant différent domine par rapport aux températures plus basses. En culture cellulaire et chez des animaux vivants, les chercheurs ont confirmé que ces variants diffèrent aussi sur le plan fonctionnel : ils se multiplient à des vitesses différentes et ont des effets distincts sur l'hôte. La sélection par l'environnement s'opère donc au niveau de la sous-espèce, et pas seulement au niveau de l'espèce.
C'est un résultat méthodologique aux implications larges. Les études qui s'arrêtent au niveau de l'espèce peuvent passer à côté de changements fonctionnellement importants, qui ne deviennent visibles qu'à une résolution plus fine.
Ce que cela signifie pour le lien entre intestin et vieillissement
Avec l'âge, la composition du microbiome intestinal se modifie. Des études associent ces changements à une inflammation généralisée, à une absorption réduite des nutriments et à un déclin métabolique. Si la diversité fonctionnelle au sein des espèces bactériennes joue un rôle dans cette évolution mais est systématiquement ignorée par la recherche, le lien entre microbiote et vieillissement est probablement sous-estimé. Il reste à déterminer si ces mécanismes s'appliquent également dans le contexte du vieillissement humain.
Termes de recherche pour aller plus loin : intraspecific diversity gut microbiome, Lactiplantibacillus plantarum functional differentiation, microbiome subspecies selection