Un microbiome intestinal synthétique pourrait remplacer les transplantations de selles
Une transplantation de selles d'un jeune donneur peut entièrement réinitialiser le microbiome intestinal d'un receveur plus âgé. Mais la réglementation rend la chose de plus en plus difficile. Des chercheurs tentent désormais d'obtenir le même effet avec un mélange de bactéries à composition précisément définie.
Dans une transplantation de microbiote fécal (TMF), les selles d'un donneur sain sont transférées à un patient. Des études animales montrent des bénéfices manifestes lorsque des animaux âgés reçoivent le microbiome de jeunes donneurs. Le problème est que chaque donneur possède une composition unique de bactéries intestinales. Cette variabilité complique la standardisation, et les autorités réglementaires comme la FDA l'exigent avant d'homologuer un médicament. Les chercheurs ont fait un pas vers une alternative : un produit biothérapeutique vivant (LBP), composé d'une liste connue et définie de souches bactériennes.
Dans une petite étude clinique portant sur 18 participants, ils ont comparé ce produit à une TMF classique, toutes deux issues du même donneur. Les participants souffraient d'une infection récurrente à Clostridioides difficile, une infection intestinale sévère qui survient souvent après une antibiothérapie. La sécurité et l'efficacité se sont révélées comparables entre les deux traitements. Les souches bactériennes se sont durablement implantées dans l'intestin des receveurs dans les deux cas.
Où en est-on avec le microbiome artificiel ?
Le produit actuel contient quinze souches bactériennes. Un microbiome humain sain en compte des centaines, voire des milliers. L'écart est considérable. Les chercheurs voient toutefois cela comme une première étape : si un mélange de quinze souches peut être produit dans des conditions de fabrication contrôlées, la voie vers des mélanges plus complexes est ouverte.
C'est pertinent pour la recherche sur le vieillissement, car le microbiome intestinal des personnes âgées diffère structurellement de celui des personnes jeunes. Orienter ce microbiome vers un profil plus jeune par TMF produit des effets mesurables chez l'animal, notamment sur l'inflammation et les fonctions cognitives. La question de savoir si un LBP standardisé peut produire les mêmes effets chez l'être humain reste ouverte.
La réglementation, frein à l'innovation
La FDA n'a homologué qu'un seul produit de TMF, réservé aux infections à Clostridioides difficile. D'autres applications, comme la réinitialisation d'un microbiome vieilli, sortent du cadre de cette autorisation. Un mélange bactérien standardisé contourne en partie ce problème : il est reproductible et vérifiable, ce que les régulateurs peuvent évaluer bien plus aisément qu'un produit à base de selles humaines.