Peut-on modifier durablement son microbiote intestinal grâce à l'alimentation ?

L'alimentation modifie rapidement le microbiote intestinal (l'ensemble des micro-organismes qui peuplent l'intestin), mais savoir si ce changement dure est une autre affaire. Passer radicalement à un régime entièrement animal ou végétal suffit à faire évoluer la composition des espèces en quelques jours. Un régime riche en produits animaux favorise les bactéries tolérantes aux sels biliaires ; un régime riche en fibres végétales stimule celles qui dégradent ces fibres. Ce basculement est mesurable et reproductible, mais les microbes apportés par la nourriture ne s'installent que provisoirement.

Le « profil » de ton microbiote — c'est-à-dire l'équilibre global façonné par des années d'habitudes alimentaires — est bien plus tenace. Dix jours d'un nouveau régime déplacent quelques curseurs, mais le schéma d'ensemble ne bouge guère. Ce schéma reflète davantage ce que tu manges depuis des années que ce que tu as avalé la semaine passée. Un changement durable du microbiote exige donc un changement durable de l'alimentation.

Les 1 000 premiers jours après la naissance constituent la période où le microbiote est le plus malléable. Des perturbations à ce stade, qu'elles viennent de l'alimentation ou de l'environnement, sont associées à un risque accru de maladies inflammatoires, de troubles immunitaires et d'obésité à l'âge adulte. À l'âge adulte, le microbiote est plus stable et se transforme bien moins facilement en profondeur. Chez les personnes âgées, le lieu de vie joue également un rôle : celles qui vivent en établissement médicalisé ont une composition microbienne différente de celles qui vivent chez elles.

Chez les personnes souffrant du syndrome de l'intestin irritable, le régime pauvre en FODMAPs — qui limite les glucides fermentescibles — peut atténuer les symptômes, mais il a aussi un revers. Il réduit simultanément le nombre de bactéries bénéfiques et la diversité du microbiote. Les réponses varient fortement d'une personne à l'autre, ce qui pousse les experts à déconseiller de prolonger ce régime inutilement et à réintroduire les aliments progressivement.

Concernant les édulcorants artificiels comme le sucralose et la saccharine, ainsi que les colorants et les modificateurs de texture présents dans les aliments transformés, le tableau reste flou. Des études menées sur des animaux ou en laboratoire suggèrent des effets sur la diversité bactérienne, mais des essais cliniques courts ne montrent pratiquement rien aux doses habituellement consommées. Les conséquences d'une consommation prolongée sur ton microbiote restent insuffisamment étudiées.